Atlétikai pályafutása
Schubert Ernő alig volt 18 éves, mikor a MUE színeiben 1899-ben magyar bajnoki címet szerzett 100y-on és távolugrásban. 1900-ban 100y-on, 1901-ben pedig távolugrásban ismételt. Schubert volt az első magyar atléta, aki távolugrásban túlszárnyalta a 6 métert. Pályafutása során nemcsak Magyarországon szerepelt eredményesen, hanem többször elnyerte Ausztria és Csehország bajnoki címét.
Részt vett az 1900-as Párizsban rendezett nyári olimpiai játékok atlétikai versenyein, ahol több versenyszámban is indult. A 100, a 200, valamint a 60m-es síkfutásban az előfutamokban kiesett. Távolugrásban pedig a 9. helyen végzett.
Újra a pályán
1907-ben, amikor már esztendők óta abbahagyta a versenyzést, egyízben vitába szállott, hogy az új sprintergeneráció nem ér fől az ő kortársainak képességeihez. A vitát fogadás követte és Schubert kötelezte magát, hogy kéthónapos tréning után ismételten megnyeri Ausztria 100m-es bajnokságát, amelyet egy évtizeddel ezelőtt nyert meg először. A versenyen Schubert Ernő győzött és megnyerte a fogadást. Pár héttel később elindult a magyar bajnokságban is, azonban a döntőben lerándult és ezzel végleg lezárta az aktív sportpályafutását.
Labdarúgó játékvezetőként is működött
1904 és 1908 között a MUE labdarúgó csapat játékvezetőjeként tevékenykedett az NB I., valamint egyéb bajnokságokban. A magyar bajnokság indulásakor még nem voltak vizsgázott bírók Magyarországon, ezért valamennyi résztvevő egy-egy személyt delegált, akik játékvezetőkent működtek közre. Schubert Ernő összesen 15 NB I-es mérkőzésen bíráskodott.
Újságíró és jogi doktor
Az első világháború után sportírással is intenzíven foglalkozott. Többek közt Schubert főszerkesztője volt a Magyar Sportnak.
A Budapesti Királyi Magyar Tudományegyetemen jogi karán végezte tanulmányait, majd 1902-ben a Székesfőváros szolgálatába lépett és a VI. kerületi elöljárósághoz nevezték ki fogalmazónak.
Utolsó éveiben már csak a lóverseny sport szemlélésében lelte örömét. Általánosan ismert tagja volt a lósport társadalmának s úgy itt, mint a testedző sportban és a főváros társadalmi köreiben a legnagyobb szeretet és tisztelet vette körül.